免疫性脑炎的后遗症主要为癫痫发作、精神发作及记忆力障碍等。癫痫发作病人需服用抗癫痫的药物。精神发作表现为精神异常、行为异常、胡言乱语、沟通障碍、无法正常工作与学习。
自身免疫性脑炎后遗症是癫痫发作：急性期癫痫发作者使用免疫抑制剂、免疫调节剂治疗后效果明显，认知记忆功能障碍：辅助进行神经康复，包括作业治疗、认知康复训练，有助于恢复。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性、局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。自身免疫性脑炎的症状是以持续性局灶性癫痫发作起病，有局部定位征以及相应异常脑电波和影像学改变者，可诊断本病。但应排除常见病毒性脑炎伴继发性癫痫。
痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、还有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；兴奋多动等精神状态及认知功能异常。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性、局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。自身免疫性脑炎的症状是以持续性局灶性癫痫发作起病，有局部定位症以及相应异常脑电波和影像学改变者，可诊断本病。但应排除常见病毒性脑炎伴继发性癫痫，这个根据病情严重程度来决定。病情严重者可能遗留癫痫及认知功能障碍等。
