自身免疫性脑炎后遗症是癫痫发作：急性期癫痫发作者使用免疫抑制剂、免疫调节剂治疗后效果明显，认知记忆功能障碍：辅助进行神经康复，包括作业治疗、认知康复训练，有助于恢复。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性、局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。自身免疫性脑炎的症状是以持续性局灶性癫痫发作起病，有局部定位征以及相应异常脑电波和影像学改变者，可诊断本病。但应排除常见病毒性脑炎伴继发性癫痫。
通常情况下，小儿脑炎后遗症有肢体瘫痪、癫痫、智力低下等。具体情况分析如下：
儿童脑炎有两种情况，一种是化脓性脑炎，另一种是病毒性脑炎。化脓性脑炎的并发症有硬膜下积液，症状为化脓性脑膜炎，在治疗期间体温不升高，病程中前囟门进行性充盈；脑室管膜炎，主要表现为高烧不退，频繁抽搐，甚至是呼吸衰竭；脑积水、前囟门增大、头围逐渐增大、头皮静脉扩张等。病毒性脑炎一般在1-2个星期内痊愈，严重时会出现肢体瘫痪、癫痫、智力低下、失语、失明等后遗症。
另外，单纯疱疹病毒脑炎、乙型脑炎、肠病毒71脑炎的死亡率也较高。
一般来说，脑膜脑炎后遗症如下：
第一，出现失语、说话吐字不清等语言协调功能问题，难以正常交流。
第二，偏瘫、无法正常行走。
第三，痴呆、记忆力下降、认知水平降低。
第四，患者变得易怒，情绪波动大。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
脑膜炎如果治疗不及时或不彻底，部分病人会出现智力减退，另一部分病人可能会出现失明听力减退，可间接的影响病人智力发育，所以需要积极的预防。脑膜炎通常可以完全复原，少数的病人可能会出现一些脑部伤害，因而导致耳聋、癫痫或功能障碍，特别是未能对此病及时加以治疗更会如此。
