自身免疫性脑炎可能会有难治性的癫痫、遗留智能障碍等后遗症。
1、难治性的癫痫，这种情况比较常见，有可能是自身免疫性脑炎导致的难治性癫痫。
2、遗留智力缺陷，如运动发育迟缓、语言发育迟缓等，还有一些病人会表现为偏瘫、失语等局部的神经功能缺损。
免疫功能低下或有免疫缺陷疾病的患者，如果出现头痛、头晕、脑电图异常等症状，要做好免疫学、脑脊液等检查，明确原因后进行治疗。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性、局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。自身免疫性脑炎的症状是以持续性局灶性癫痫发作起病，有局部定位征以及相应异常脑电波和影像学改变者，可诊断本病。但应排除常见病毒性脑炎伴继发性癫痫。
自身免疫性脑炎后遗症是癫痫发作：急性期癫痫发作者使用免疫抑制剂、免疫调节剂治疗后效果明显，认知记忆功能障碍：辅助进行神经康复，包括作业治疗、认知康复训练，有助于恢复。
病情严重者可能遗留癫痫及认知功能障碍等。脑炎全身毒血症状有发热、头痛、身痛、恶心、呕吐、乏力。少数有出血疹及心肌炎表现。神经系统症状表现为意识障碍，脑膜刺激征。可出现颈肌及肩胛肌弛缓性瘫痪，以致头下垂及手臂不能上举，摇摇无依。脑神经及下肢受累少见。瘫痪2～3周可恢复，约半数肌肉萎缩。轻症可无明显神经症状。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性、局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。自身免疫性脑炎的症状是以持续性局灶性癫痫发作起病，有局部定位症以及相应异常脑电波和影像学改变者，可诊断本病。但应排除常见病毒性脑炎伴继发性癫痫，这个根据病情严重程度来决定。病情严重者可能遗留癫痫及认知功能障碍等。
