巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下使用穿刺针经阴道后穹隆刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。
巧克力囊肿穿刺抽液术后最少需要休息一个月的时间再同房，一周内适当卧床休息，禁盆浴及阴道冲洗，勤洗勤换内裤，不要劳累，保持外阴的清洁，多补充营养，保持好的情绪。治疗期间也是不要吃太刺激性的食物，不要着凉，注意保暖。
巧克力囊肿是一种比较常见的妇科疾病，多见于年轻女性。巧克力囊肿的患病原因很多。主要是由于子宫内膜异位所引起的。同时与外部因素、遗传因素也有一定的关系。因为巧克力囊肿早期并无明显症状，巧克力囊肿采取穿刺抽液术，虽然可以比较大的程度保留生育功能。是二次复发的风险也比较低。一般半小时内就可以解决了。
巧克力囊肿穿刺是在超声的检查下进行的手术。巧克力囊肿光是做穿刺是不能达到治好的作用，只是一时让囊肿变小而已，卵巢巧克力囊肿首选手术治疗。如果巧囊位置偏下，可试行穿刺术，但穿刺后巧囊极易复发，对妊娠率提高效果不显著，建议行腹腔镜探查术，术中行双侧巧克力囊肿剥除术，术后尽快怀孕的，一般是需要住院治疗的。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。