巧克力囊肿穿刺是在超声的检查下进行的手术。巧克力囊肿光是做穿刺是不能达到治好的作用，只是一时让囊肿变小而已，卵巢巧克力囊肿首选手术治疗。如果巧囊位置偏下，可试行穿刺术，但穿刺后巧囊极易复发，对妊娠率提高效果不显著，建议行腹腔镜探查术，术中行双侧巧克力囊肿剥除术，术后尽快怀孕的，一般是需要住院治疗的。
巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下使用穿刺针经阴道后穹隆刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。
巧克力囊肿可以吃鸡蛋。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到了卵巢，是不影响正常的进食的，鸡蛋可以补充蛋白质，有利于组织的修复，可以养心安神，滋阴润燥，对病情是很好的，但是如果有腹泻，发热的症状就不能吃了。对巧克力囊肿也没有直接的不良作用。
巧克力囊肿术后一个月不要从事剧烈运动，休息一个月再上班。如果是坐办公室，劳动强度小，可以半个月以后上班。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症。术后必须配合药物产生闭经疗法防止复发。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
巧克力囊肿如何检查问题，需要做的检查有：阴道后穹隆穿刺。这种检查可以抽出咖啡色或者是巧克力色浑浊液，甚至有的是血性液体。抗子宫内膜抗体，这是一种以子宫内膜为靶抗原，可以引起一系列的免疫病理反应的一种自身的抗体，是子宫内膜异位症的一个标志抗体。B型超声检查。这种检查方法可以看见附件区和子宫密切相连的地方有一个轮廓不规则的囊腔，其液性暗区中充满弥漫性的杂乱细回声，或者是不均匀的片状回声。