子宫内膜异位症的治疗应根据年龄、症状、病变部位和范围、生育要求等因素综合考虑，才能制定治疗方案。轻症者可无需治疗，定期随访；月经期间出现轻微疼痛者可给予止痛等对症处理；有生育要求者轻者可先行药物治疗，重度可行保留生育功能的手术治疗。
子宫内膜异位症是可以自愈的。因为子宫内膜异位症是一个雌激素依赖性疾病，到了围绝经期，也就是绝经以后，患者的雌激素水平下降，子宫内膜异位症的状况下是不会再往前进展，会稳定在一个阶段，这个时候比方说子宫内膜异位囊肿也会消退，但是也有个别的状况，到了绝经以后再得这个疾病，也有可能到了绝经以后疾病再反复。
子宫内膜异位症在体内雌激素水平降得非常低，以至于接近没有的时候，它可能会自愈。更年期以后或到绝经期以后，当雌激素降低至原来的五分之一以下，就有自愈的机会，因为那个时候就绝经了，卵巢功能衰退，如果不是这种情况，一般没有自愈的可能。
子宫内膜异位症通过运动是不能够治好的，这种疾病是由于具有生长功能的子宫内膜生长在子宫腔以外的部位造成的。病人的主要症状就是痛经、腹痛、月经异常、不孕等。治疗的方法需要采取药物、手术等方法进行综合性的治疗。
子宫内膜异位症是女性疾病中最常见的疾病之一，与女性自身的免疫功能、遗传因素、环境因素有关。病发时会出现痛经、月经异常、严重的会导致不孕，对女性有着极大的影响，是不容易自愈的，要及时到正规医院检查治疗。
可以选择手术的方式治疗子宫内膜异位症，也可以通过保守的方式改善子宫内膜异位的情况，但是两者对于子宫的伤害都是比较显著的，长期用药也可能会导致不孕的问题出现，因此要根据自身治疗子宫内膜异位症的目的进行判断。