一般情况下，怀孕初期卵巢囊肿治疗要根据囊肿的性质和患者的症状决定。
1.如果囊肿直径在5cm以上，一般需要进行手术治疗，避免卵巢囊肿破裂引起急腹症。
2.如果是良性的生理性囊肿，囊肿直径在5cm以下，患者没有明显的临床症状，一般不需要特殊治疗。
日常生活中，应注意个人卫生，饮食清淡，作息规律，多休息，保持良好的心态，注意合理运动，增强自身的体质，有利于身体健康。
怀孕初期卵巢囊肿不适的问题，考虑可能是跟激素分泌异常有关系，可能是存在感染的问题，容易对孩子的健康发育产生影响，定期的做孕期各项检查，观察胎儿的发育情况，合理的饮食，适当的增加营养，满足身体的生理需求。
孕妇体内的雌激素和孕激素水平会改变，从而导致生理性的卵巢囊肿，在妊娠前没有，在妊娠后会出现，多半是生理性的卵巢囊肿。
正常情况下，只要不超过3cm，就不需要做特别的处理，因为右侧卵巢囊肿会自动消失，所以要定期做B超检查，以了解囊肿的发育；如果右侧囊肿大于5cm，那么卵巢囊肿有可能会对子宫造成挤压，从而影响到胎儿的生长。
怀孕前做过体检，没有发现双侧卵巢有囊肿的情况下，怀孕之后发现卵巢有囊肿，考虑可能是，卵泡释放之后卵巢形成的黄体，卵子受孕之后，形成合体滋养胚胎，滋养细胞分泌的人绒毛膜促性腺激素下，促进黄体继续增大，转变为妊娠黄体。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
一般在12周以后就可以自然消失。如果盆腔的超声检查发现，囊肿内容物不均匀，或者是囊壁有乳头状的改变，这有可能是卵巢的恶性肿瘤，可以先做妇科肿瘤标记物进行初步的排查，对于生理性的卵巢囊肿。