一般在12周以后就可以自然消失。如果盆腔的超声检查发现，囊肿内容物不均匀，或者是囊壁有乳头状的改变，这有可能是卵巢的恶性肿瘤，可以先做妇科肿瘤标记物进行初步的排查，对于生理性的卵巢囊肿。
怀孕之后发现了右侧卵巢囊肿，需要看卵巢囊肿的具体性质，来决定具体的治疗方法。如果卵巢囊肿不超过5cm，可以先观察一下。如果超过5厘米，必须在手术上将其移除。在这种情况下，患者必须终止妊娠。卵巢囊肿是一种常见的妇科疾病，可能是由于体内黄体素分泌不足或排卵功能受到某种破坏所致。如果患者有畸胎瘤，也会导致卵巢囊肿。怀孕后要定期去医院检查，个人卫生也要注意。可以用温水洗外阴，勤换内裤。内裤最好用开水烫一下，杀菌。
卵巢囊肿中医认为主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，一般药物很难治疗好。孕期一般不治疗卵巢囊肿，大多是生理性的黄体囊肿，没有不适不需要处理的。怀孕期有卵巢囊肿不影响胎儿的发育，是需要定期复查的，目前是不需要治疗的。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕了，如果患有卵巢囊肿，如果囊肿比较小，建议不用处理，也不需要采用药物治疗。若为单侧活动，囊性肿瘤，可等孕三个月后进行手术，一方面可以减少流产的可能，另一方面可以观察是否是妊娠黄体囊肿会自行缩小和消退。
女性在怀孕之后发现有卵巢的囊肿，可以先动态观察，有的女性她出现的囊肿，是正常怀孕以后出现的生理性妊娠黄体囊肿，是为了支持女性继续妊娠。一般在12周以后就可以自然消失。
