巧克力囊肿治疗之后又很容易复发，会带来巨大痛苦。腹腔镜手术是诊断子宫内膜异位症的方法。但手术后，人体会恢复排卵，发挥内分泌功能，残存的内膜又会开始生长，所以手术后尽早怀孕，因为怀孕后至少有一年的时间可以让这些内膜组织因为没有雌激素而逐渐衰退而被吸收掉。
本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
有巧克力囊肿情况，如果囊肿在4.0以下，可以采用药物进行治疗，如果囊肿在4.0以上，可以手术进行治疗，在治疗期间不用有性生活，平时多注意局部卫生。除此之外，还可以进行中医治疗。
初期巧克力囊肿能治疗。巧克力囊肿，是因为子宫内膜异位到了卵巢，子宫在卵巢规律的增生脱落，慢慢形成的黑褐色块状物，颜色类似巧克力。需要到正规医院接受科学检查，明确病因，对症治疗。初期的巧克力囊肿可以采用药物治疗，也可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵。