本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
初期巧克力囊肿能治疗。巧克力囊肿，是因为子宫内膜异位到了卵巢，子宫在卵巢规律的增生脱落，慢慢形成的黑褐色块状物，颜色类似巧克力。需要到正规医院接受科学检查，明确病因，对症治疗。初期的巧克力囊肿可以采用药物治疗，也可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵。
巧克力囊肿不能忽视，如巧克力囊肿直径小于五厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性巧克力囊肿，可以密切随访，即两至三个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间。若巧克力囊肿继续增大，尤其大于五厘米者，或者突然下腹部阵发性绞痛，可能是肿瘤性囊肿或发生了囊肿扭转或破裂，则应手术探查确定其良恶性，必要时手术切除。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。