一般常用的治疗卵巢巧克力囊肿的手术方式包括了腹腔镜手术以及开腹性手术等两种，相对来说腹腔镜手术治疗过程中造成的创伤小，恢复速度比较快，因此也是比较好的治疗方法。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
巧克力囊肿可以手术治疗。术后注意个人卫生。巧克力囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生，浸润，转移及复发等恶性行为。