巧克力囊肿主要是指，子宫内膜的间质或者腺体异位到卵巢，异位的子宫内膜在月经期也可以出现剥脱出血，从而形成巧克力囊肿。要想从根本上治疗巧克力囊肿，只有两种办法，第一，切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除彻底性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。