采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
避免人工流产，经期避免剧烈的活动，口服避孕药。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
巧克力囊肿病到目前为止，除去手术切除巧克力囊肿没有更好的方法，能去医治。手术以后应该调整个人的情绪。饮食上宜清淡，饮含营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品等。
巧克力囊肿是女性才会有的疾病，是由于子宫内膜异位症而引起的。有巧克力囊肿的人群对于怀孕是有很大影响的，而且巧克力囊肿并不是多久会长大而是随时都在生长，而且生长的速度是非常快的，需要及时治疗，一般可以通过手术切除来进行治疗。
巧克力囊肿可能会长大。囊肿是会长大的。囊肿是一种良性的疾病，一般多发生在肝脏和肾脏的实质内，囊肿有囊肿壁，能够分泌囊液，所以时间长了以后，囊肿的体积可能会慢慢的增大。小的囊肿可以进行随诊，也就是进行观察。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。