采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物。人工闭经的同时会引起出现骨质疏松，潮热、盗汗等激素水平下降而引起的为绝经期症状和心血管症状。所以在临床当中想要预防巧克力囊肿复发是非常困难的。
巧克力囊肿是女性才会有的疾病，是由于子宫内膜异位症而引起的。有巧克力囊肿的人群对于怀孕是有很大影响的，而且巧克力囊肿并不是多久会长大而是随时都在生长，而且生长的速度是非常快的，需要及时治疗，一般可以通过手术切除来进行治疗。
巧克力囊肿可能会长大。囊肿是会长大的。囊肿是一种良性的疾病，一般多发生在肝脏和肾脏的实质内，囊肿有囊肿壁，能够分泌囊液，所以时间长了以后，囊肿的体积可能会慢慢的增大。小的囊肿可以进行随诊，也就是进行观察。
行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、薯类作为主食，均可食用，无需避免。肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好。子宫内膜异位症病人清淡疏利之品较为适宜。干果不忌，可随时食用。养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用。