戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
首先要到医院去做一个细菌敏感性实验，以便于确定究竟是哪一种致病菌引起了炎症，然后再选择抗菌素进行治疗，精子畸形这种病是可以康复的，比如常见的生殖道感染导致的精子畸形可以使用强力药物进行治疗，经过这种药物服用，两个星期之后精子就可恢复正常。当然，如果精子畸形是因为精索静脉曲张而导致的则需要通过手术加以治疗。
精子畸形率高，应该检查引起精子畸形的原因，根据病因进行系统的治疗，只要有信心就能完全治疗，建议平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜，远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
需要先查明精子畸形的原因，才能快速有效的治疗。影响到精液畸形的因素很多如：慢性前列腺炎、精囊腺炎、附睾炎、睾丸炎、精索静脉曲张等。可以到医院在医生的指导下进行进一步检查，以明确病因病情，进行针对性治疗，以达到理想的治疗效果。