需要先查明精子畸形的原因，才能快速有效的治疗。影响到精液畸形的因素很多如：慢性前列腺炎、精囊腺炎、附睾炎、睾丸炎、精索静脉曲张等。可以到医院在医生的指导下进行进一步检查，以明确病因病情，进行针对性治疗，以达到理想的治疗效果。
戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
首先要到医院去做一个细菌敏感性实验，以便于确定究竟是哪一种致病菌引起了炎症，然后再选择抗菌素进行治疗，精子畸形这种病是可以康复的，比如常见的生殖道感染导致的精子畸形可以使用强力药物进行治疗，经过这种药物服用，两个星期之后精子就可恢复正常。当然，如果精子畸形是因为精索静脉曲张而导致的则需要通过手术加以治疗。
引起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。喝点中药或者是吃点中成药，调理，都是可以的。锻炼身体，劳逸结合，避免烟酒刺激。
可根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
不良习惯的改正。导致精子畸形率高的原因中，与不良生活习惯相关的还是蛮多的。为了精子的质量，要做到戒烟戒酒、适量运动、不穿紧身衣、远离高温环境、远离辐射环境、多吃新鲜蔬菜水果等。