肾结石的处理原则主要是一旦形成梗阻，就应该进行积极的治疗。
如无梗阻肾结石形成，可临时观察，定期复查。在检查之前要做好充分的准备工作，包括患者本身以及家属都需要有良好的配合和沟通能力。一旦梗阻形成，应积极处理，由于梗阻形成后，若梗阻不能及时消除，肾结石可导致较严重肾积水，对于肾脏功能的损害则更为严重。另外在临床上发现有部分患者出现了尿路症状，但是这些患者并不是肾功能不全或者尿毒症，而是一种比较罕见的情况，叫做肾性高血压，也称为原发性高血压病。若持续时间较长，此种伤害可能越大，损害肾脏常不可逆转，再次采用手术及其他方法处理。
肾结石使用以下方法处理最好，具体分析如下：
肾结石是泌尿外科常见疾病，近年来发病率很高，主要发生在南方，且与气温升高有关。如果是4mm以下的结石，需要多饮水，定期做泌尿系统彩超检查。介于4mm到1cm的结石可用体外冲击波碎石，1cm到2cm的肾结石可用软式输尿管镜钬激光碎石术；2cm以上的肾结石或鹿角形结石应行经皮肾镜。
需要做超声学的检查，根据结石所在位置以及直径大小作出相应的处理。如果结石的直径是比较小的，可以服用排石的药物尝试自主排石，如果结石较大，可以采取体外冲击波碎石的方法，如果结石特别大需要手术。
对于两公分肾结石，如不构成严重的梗阻，可先试用体外震波碎石处理。
若采用体外震波碎石，把结石碾碎为直径在六个毫米以下的结石，有可能自行排泄。此外，还可协助某些口服排石药物的治疗，患者还可以大量饮水和小便，适当跑、跳，爬楼梯之类的动作，很可能会加速结石排泄。若体外震波碎石的作用不显著，严重者可能需手术治疗；若两公分肾结石梗阻并不严重，可考虑经尿道输尿管软镜激光碎石治疗，对患者伤害也相对较轻。
孕晚期如有肾结石发生，其治疗措施有：
1.若结石直径较小且未出现相应临床症状时，可不进行治疗，仅需常规复查。
2.若病人有腰腹部疼痛及恶心呕吐等临床相应症状时，可给予解痉止痛及相应对症处理。
3.若病人有泌尿系感染，痛苦长期难以减轻时，可保留输尿管以减轻症状和消除梗阻，并于患儿出生后再行结石治疗。
建议孕妇及时就医，根据个人情况对症治疗，避免症状加重，加大治疗难度。
肾结石在部分患者身上不进行处理，也不会有大碍。
如果结石不会很快增加，也不会引起泌尿系统感染，需要定期复查。还有一些肾结石造成了梗阻，出现了肾盂积水，必须尽快进行手术，否则肾结石会造成梗阻，进一步恶化，造成肾盂积水。肾盂积水长期压迫肾实质，造成肾功能损害，在后期肾实质薄如纸，可导致无功能肾，如果肾结石引发泌尿系统感染、肾盂积水，应及时到泌尿外科进行手术，消除堵塞，从而保护肾功能。