肾结石的处理原则主要是一旦形成梗阻，就应该进行积极的治疗。
如无梗阻肾结石形成，可临时观察，定期复查。在检查之前要做好充分的准备工作，包括患者本身以及家属都需要有良好的配合和沟通能力。一旦梗阻形成，应积极处理，由于梗阻形成后，若梗阻不能及时消除，肾结石可导致较严重肾积水，对于肾脏功能的损害则更为严重。另外在临床上发现有部分患者出现了尿路症状，但是这些患者并不是肾功能不全或者尿毒症，而是一种比较罕见的情况，叫做肾性高血压，也称为原发性高血压病。若持续时间较长，此种伤害可能越大，损害肾脏常不可逆转，再次采用手术及其他方法处理。
肾结石使用以下方法处理最好，具体分析如下：
肾结石是泌尿外科常见疾病，近年来发病率很高，主要发生在南方，且与气温升高有关。如果是4mm以下的结石，需要多饮水，定期做泌尿系统彩超检查。介于4mm到1cm的结石可用体外冲击波碎石，1cm到2cm的肾结石可用软式输尿管镜钬激光碎石术；2cm以上的肾结石或鹿角形结石应行经皮肾镜。
肾结石需要通过日常护理、手术等方式来处理。
如果是肾结石，建议多饮水、多排尿、多锻炼，如果病情较重，可以采用体外碎石或者外科手术。引起肾结石的因素很多，包括年龄、性别、民族、基因、生活、饮食、工作等。平时要多做一些剧烈的锻炼，比如多饮水、多排尿、多跑、跳远、爬楼梯等。日常生活中要保持健康的生活方式。
检查发现身体出现前列腺炎，伴有肾结石等反应症状，是需要平时注意多喝水，少吃辛辣刺激性的东西，避免抽烟喝酒等进行调节，如果症状进一步加重，是需要使用消炎药，配合治疗肾结石的药物进行治疗，必要时是需要进行手术取出肾结石等进行治疗。
孕晚期如有肾结石发生，其治疗措施有：
1.若结石直径较小且未出现相应临床症状时，可不进行治疗，仅需常规复查。
2.若病人有腰腹部疼痛及恶心呕吐等临床相应症状时，可给予解痉止痛及相应对症处理。
3.若病人有泌尿系感染，痛苦长期难以减轻时，可保留输尿管以减轻症状和消除梗阻，并于患儿出生后再行结石治疗。
建议孕妇及时就医，根据个人情况对症治疗，避免症状加重，加大治疗难度。
对于两公分肾结石，如不构成严重的梗阻，可先试用体外震波碎石处理。
若采用体外震波碎石，把结石碾碎为直径在六个毫米以下的结石，有可能自行排泄。此外，还可协助某些口服排石药物的治疗，患者还可以大量饮水和小便，适当跑、跳，爬楼梯之类的动作，很可能会加速结石排泄。若体外震波碎石的作用不显著，严重者可能需手术治疗；若两公分肾结石梗阻并不严重，可考虑经尿道输尿管软镜激光碎石治疗，对患者伤害也相对较轻。