治较好的方法有保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使得囊直至不再分泌；手术治疗，可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。
白酒，对于多囊肾病人来讲宜戒掉，酒类对与肾脏的刺激性优为重要。避免高蛋白食品：每一种肾病，都应该低蛋白饮食，避免体内氮类代谢物合成，减轻肾脏的排泄力。如大豆、豆腐、以及其他豆类制品。适当的锻炼身体以增强体质。饮食上要少喝酒及刺激性、高脂肪的食物。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。超声穿刺治疗，利用超声引导，准确定位，抽洗完脓液，再注入药物，可以避免手术创伤给患者带来的痛苦，缩短病程。