穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
肾脓肿输液能否治好，需要根据肾脓肿的大小，肾脓肿的严重程度来判断。
如果是早期的肾脓肿，可以用点滴和抗生素来治疗，这样的小脓肿，在经过一段时间的疗程之后，就可以彻底的治愈了。如果是脓肿的面积较大，或者是比较严重的话，一般不能用输液来治愈，很多患者都要做一些外科手术，比如穿刺引流，严重的话，会导致肾功能受到严重的损伤，甚至可以选择做肾切除的手术，因此，肾脓肿的治疗要看患者的病情轻重。
手术方法治疗，包括细针穿刺抽液和开放手术，前者系在B超指引下用长穿刺针从皮肤刺入囊肿，吸出囊液；中药治疗，中药毒副作用小，能减少对肾脏的损伤，能取得好的治疗效果。
保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
肾脓肿采用以下方式治疗比较好：一是保守治疗，二是穿刺引流，三是进行手术治疗。对于肾脓肿首选应该是保守治疗，而且在抗生素使用的情况下是要从头到尾都要一直使用，无论是进行穿刺还是单纯用药还是手术，抗生素都是不能停的。对于此类患者如果脓肿较小，一般单纯使用抗生素可以达到较好的治疗效果。