自酿苹果醋主要的危害是可能存在致病的微生物繁殖，人食用后可能会以中毒反应。自酿苹果醋的生产环境、食品酿造以及环境都十分重要的，家庭环境难以具备。并且在生产工艺上难以保证酿造物品可以引用有益菌种生长、活化。生产时是否受污染、是否已变质、是否已存在有害微生物都难以得到保证。
自制苹果醋最好选用纯粮的米醋，需要用八倍的纯净水或者冷开水稀释，兑入蜂蜜的效果更好。醋对于牙齿有腐蚀效果，喝过苹果醋应该马上漱口。苹果醋还需要注意用量，每次饮用不要超过200毫升。
通常情况下，喝苹果醋能否减肥，需要根据摄入量以及爱美人士日常的习惯来判断。
苹果醋是一种比较常见的饮品，由苹果汁发酵而来，热量较低。若爱美人士在减肥期间积极控制饮食，限制高热量饮食的摄入。此时适量喝苹果醋有利于促进肠胃蠕动，还能加快人体的新陈代谢，在一定程度上能帮助减肥。但是，若爱美人士在减肥期间不注意饮食，或者是过量喝苹果醋，可能会影响减肥效果，一般不能减肥。
苹果醋减肥应该不是很好，苹果醋能起到调节胃口效果，使胃肠道蠕动速度加快。如果想要减肥，单纯服用苹果醋，并不能起到很好的作用，适量吃苹果醋，能起到降血脂和血压的作用，对减肥有辅助效果。可以通过抽脂方法能起到快速瘦身效果，在减肥期间要避免身体摄入的，油脂和糖分之类的食物过多。苹果醋能起到调节胃口效果，里面含有的热量比较低，平时可以适量吃一些，一般不会导致身体健康受到影响。
孕妇可以少量饮用苹果醋饮料。
苹果醋是由苹果汁发酵形成的，味道呈酸性，并且其中含有丰富的营养成分，孕妇饮用后可以改善食欲不振、便秘的症状，还可以及时补充自身所缺少的维生素以及具有排毒养颜的作用。孕妇适当饮用对身体有一定好处，但是不可频繁饮用，避免对孕妇以及胎儿造成一定影响。建议孕妇在怀孕期间注意饮食均衡，多吃一些易消化的食物，多注意休息，不要熬夜。
苹果醋喝多了会影响胃肠、牙齿健康。
苹果醋属于酸性食物，吃太多对胃有刺激作用，尤其是本身就有胃酸过多情况者，长期喝太多苹果醋，会导致反酸、烧心、胃灼烧。也正是因为苹果醋酸度太高，在喝苹果醋之后，可能会损伤牙齿的珐琅质和喉组织，长期下来，很容易导致牙齿出现炎症、牙齿敏感。
建议生活中少喝苹果醋，如果一定要喝，最好先用白开水或者果汁稀释后再饮用，且不要空腹喝苹果醋。
对于患有冠心病的人来说，可以食用苹果醋，因为其富含有机酸，能帮助人体消化食物中的骨骼，从而提高人体对人体的钙质和磷的摄取。能够有效地预防和缓解心血管、高血压、冠心病等多种病症，还能促进人体的血液酸碱平衡。果酸的苹果醋会减缓人们的工作压力。可以帮助调理肠胃，同时也可以用来软化血管，也可以用于治疗冠心病。患有冠心病的人在日常生活中要多注意多休息，少摄入高脂肪高卡路里的食品。
