治疗方法是使用干扰药素治疗方案来进行抗病毒治疗，干扰药素抗病毒治疗，不仅有抗病毒的作用，还可以调节自身的免疫力，提高身体监控肿瘤的能力，抗肝纤维化的能力，并且干扰药素治疗的疗程是有限的，大概平均疗程在一年左右，不需要长期用药，即使干扰药素治疗停止以后仍然有一些后续的免疫调控作用，可以持久的抑制病毒。
乙肝大三阳可以用一些保肝的药物，但是药物不要过多，过多的药物，中药或西药都可能反而会造成肝脏损害。因为任何药物都要通过肝脏代谢。都会或多或少加重肝脏损害。肝功能正常就不需要特别治疗，肝功正常才是目的。
目前还没有治疗乙肝大三阳的特效药，儿童患有这种疾病和大人是一样的，都要积极保肝、降酶、抗病毒治疗，如果肝功正常了就可以不吃药了，如果肝功不正常，去医院治疗。平时要注意多休息，不要太过劳累，可以多吃一些蔬菜和水果。
乙肝大三阳可以治疗，但不能说完全健康，因为乙肝疾病是没有办法完全清除体外的乙肝大三阳，一般代表的就是病毒数量在明显的复制，过度的升高，所以选择一些抗病毒的药物来控制调节是临床比较常见的。
大三阳乙型肝炎一般是由于乙肝病毒在肝细胞中的繁殖，这将导致大三阳的症状。通常，口服抗病毒药物用于治疗。同时，也有必要观察肝功能是否受损。如果转氨酶升高，联合用药也需要口服保肝药物。通常，饮食也应该注意。
大三阳抗病毒好的时期是7-15天。转氨酶升高是乙肝大三阳抗病毒治疗的好时期，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统，已从消极防御转为积极主动，恰好是抗病毒治疗的好时机。