治疗方法是使用干扰药素治疗方案来进行抗病毒治疗，干扰药素抗病毒治疗，不仅有抗病毒的作用，还可以调节自身的免疫力，提高身体监控肿瘤的能力，抗肝纤维化的能力，并且干扰药素治疗的疗程是有限的，大概平均疗程在一年左右，不需要长期用药，即使干扰药素治疗停止以后仍然有一些后续的免疫调控作用，可以持久的抑制病毒。
整体治疗。包括高蛋白饮食：多吃一些鸡蛋、牛奶、瘦肉、鱼、鸡、海鲜、豆腐、豆制品、新鲜蔬菜、水果等；适当休息，勿过累；忌酒；保持精神愉快。用药以退黄、降酶、保肝、抗病毒、提高机体免疫力为总则。
大三阳抗病毒好的时期是7-15天。转氨酶升高是乙肝大三阳抗病毒治疗的好时期，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统，已从消极防御转为积极主动，恰好是抗病毒治疗的好时机。
乙肝大三阳，如果肝功能正常，无需治疗，只需定期复查腹部彩超、乙肝DNA、乙肝五项、肝功能、甲胎蛋白，如果正常，无需治疗，需注意休息，勿熬夜、劳累、忌食辛辣油腻食物，屏蔽饮酒，饮食上以清淡、易消化的食物为主，饮酒等。
要想让乙肝大三阳达到转阴需要进一步检查肝功能及乙肝病毒，这才可以更好的保障治疗的效果。尽管乙肝治疗有难度，但是选对正规的肝病医院，采用正确有效的治疗方法，再结合科学的日常调理，那么肝病康复还是有希望的。病人在治疗的时候一定要选择正规专业的医院，同时要选择适合自己病情的治疗方法，避免治疗误区，这样才能更好的保障治疗的效果。时饮食要注意清淡，不要吃油腻、辛辣刺激的食物，以免加重肝脏负担，致使病情恶化。
乙肝停药主要包括抗病毒，包括口服核苷类药物和干扰素抗病毒。干扰素抗病毒停药的标准要结合实际情况来定。
一般来说，大三阳转成小三阳，病毒检测不出来，而且疗程满一年，乙肝表面抗原也没有下降的迹象，可以停药。如果乙肝表面抗原持续下降一年，那么干扰素的疗程可以延长到一年半到两年，因为有可能出现乙肝表面抗原转阴。如果是口服核苷类药物，至少要治疗四年以上的乙肝大三阳，大三阳到小三阳的治疗至少需要三年以上的时间。乙肝小三阳患者需要口服核苷类药物，直到乙肝表面抗原转阴。