阴茎短小危害生育能力，造成男性不育。即使是能够过正常性生活的阴茎短小患者，很多也是无法让家庭完整的。阴茎短小的男性雄性激素分泌不均匀，就可能导致男性乳房发育。三、致使男性性功能低下，甚至造成性功能障。
男人阴茎短会导致男性不育，下丘脑分泌的黄体生成素释放激素减少。阴茎短小者影响正常夫妻生活、丧失正常生育能力。茎过于短小，这样就会在心理上造成自卑和压抑感。
疾病因素：近些年来，由于饮食或不良习惯等原因，使得男性隐私部位患病的几率在不断增加，如隐睾、睾丸炎等，一来会使局部组织出现水肿的情况，二来可能会影响到血管的正常血供，三来会导致阴茎短小，严重的甚至会使生精组织出现坏死的情况，对之后的生育造成一定的影响。
阴茎是男性非常重要的生殖器官，对于男性的一生都起着非常重要的作用，然而阴茎短小对于男性的危害很大，阴茎短小的男性在性生活的时候不仅不能带给妻子好的快感，自己受此因素的影响性能力可能都会比较差，因为不愿意和女生有性关系导致性欲降低，而且性格会比较内向，从而会引发很多的夫妻间的矛盾。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
一般情况下，男性的阴茎短小，可以在医生的指导下通过药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
阴茎短是一种常见的诊断标准，成年男性的阴茎长度小于4cm，勃起时长度小于8cm。遗传因素、肥胖、雄性激素分泌下降、营养不良等都是导致阴茎短小的主要原因。比如加强营养、外源性雄激素（口服十一酸睾丸酮等）、减肥等。阴茎整形延长手术是由于生殖器畸形引起的阴茎短小。