男人阴茎短会导致男性不育，下丘脑分泌的黄体生成素释放激素减少。阴茎短小者影响正常夫妻生活、丧失正常生育能力。茎过于短小，这样就会在心理上造成自卑和压抑感。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
疾病因素：近些年来，由于饮食或不良习惯等原因，使得男性隐私部位患病的几率在不断增加，如隐睾、睾丸炎等，一来会使局部组织出现水肿的情况，二来可能会影响到血管的正常血供，三来会导致阴茎短小，严重的甚至会使生精组织出现坏死的情况，对之后的生育造成一定的影响。
阴茎是男性非常重要的生殖器官，对于男性的一生都起着非常重要的作用，然而阴茎短小对于男性的危害很大，阴茎短小的男性在性生活的时候不仅不能带给妻子好的快感，自己受此因素的影响性能力可能都会比较差，因为不愿意和女生有性关系导致性欲降低，而且性格会比较内向，从而会引发很多的夫妻间的矛盾。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
男人的阴茎的长短与种族、家族、遗传、以及青春期营养状况、地域、个体差异等有关。一般来讲，阴茎主要在青春期发育，过了青春期基本不再生长。如果要想增长，只有靠手术来延长或植入假体，药物或其他方法延长的可能性不大。所以阴茎短小患者在饮食上并没有特别的注意，平时注意避免辛辣刺激。