服用该药时不能马上停药，因为类似西药的依赖性较大，所以在没有有效药物取代之前是不能停药的，长期服用的后果会直接影响肝、肾、脑等功能。服用该药对生育有一定的影响，精神科药物都或多或少存在性功能影响。
乙胺丁醇最常见的副作用就是视后神经炎，表现为视物不清，少数人有眼痛，流泪症状，正确的处理办法是停药，应用改善视神经的药物，不过要排除眼部病毒和其它微生物的感染所造成的上述症状。有条件可以查个检眼镜确诊，不过停药还是第一选择。症状严重者应及时就医。
作用机制：乙胺丁醇对繁殖期的结核杆菌有较强的抑菌作用，通过干扰细菌RNA合成而抑制其生长，一般口服常用量的不良反应较少且轻微，除视神经损害外的其他不良反应外有过敏，瘙痒，头痛，眩晕，关节痛，胃肠反应，全身不适，精神反应，肝功能异常和粒细胞减少等。
使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
有一定的副作用的，有的人服用盐酸乙哌立松片以后会出现全身怠倦，或者是站立不稳的症状，偶尔还会出现头晕、乏力、精神紧张、注意力不集中等症状。有的患者会出现全身皮肤瘙痒，严重的还会有皮疹的发生。
