怀孕打黄体酮的副作用是可能引起肝功能异常，可能发生女胎男性化、生殖道畸形等。黄体酮的作用是补充孕激素，使子宫内膜蜕膜化，维持妊娠，主要用于治疗黄体功能不足引起的先兆流产、习惯性流产，以及人工授精或试管婴儿移植后的辅助治疗。
排卵后吃黄体酮，对怀孕并没有什么影响。黄体酮的主要成分是孕激素，是患者维持月经、维持胚胎正常发育必需的激素。所以补充这种激素，如果是在患者缺乏的情况下，对于胚胎的发育是好处。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
副作用有突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴瘙痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常等。发胖是比较少见的副作用，短期服用黄体酮是不会发胖的。
长期打这款药物是不可以的，这款药是由卵巢黄体分泌的一种天然孕激素，在体内对雌激素激发过的子宫内膜有显著形态等影响，为维持妊娠所必需.临床常用于先兆性流产，习惯性流产，子宫内膜移位症，功能性子宫出血，痛经，卵巢功能低下所致的闭经或闭经原因的反应性疹断等。
一般来说，女性在排卵期出现了流血现象，建议不要服用黄体酮，因为这是一种孕激素，可以在月经后期服用。女性在排卵期出现大出血时需要使用女性激素进行调理，例如在来例假的12日内服用戊酸雌二醇片，大概一周后可以缓解女性的排卵期出血症状。此外，在平时的饮食中，可以多吃豆浆、蜂王浆、洋葱、花生酱、黑豆等食物。有助于补充机体所需的雌激素。
