治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
手术治疗，可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石的目的。手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
GPH基因递进增强疗法，该方法针对病毒有极强极复杂生物基因链因此生殖感染易反复发作不容易痊愈的特点，从基因分子生物学角度破坏病毒的基因生物链达到治疗的目的；药物疗法，可以用一些抗真菌类的药物，也可以局部冲洗，症状明显严重可考虑输液治疗，都具有比较好的效果。
抗生素抗菌疗法，在抗生素抗菌疗法基础上应用中药汤剂中成药，个人体质的阴阳进行辨证治疗，不仅起到了很好的治疗效果，而且还能显著减少复发次数，起到预防作用。中药治疗，优势就在于，中药可以很好的调整患者的体质，改善体质，增强抗病能力，并且可以同时解决感染的细菌等微生物。
可以采用药物治疗，应及早使用有效、足量的抗生素以控制感染，肌注或静脉滴注，可促使喉部组织消肿，减轻喉阻塞症状；局部治疗，含服具有消炎止痛类的含片等，雾化或熏气治疗，吸入药气，对局部炎症有效。
