如果肝脏疼痛是由于多囊肝导致的，特别是肝脏的囊肿导致肝脏损伤引起的。就需要考虑给予手术治疗。需要检查肝脏囊肿的情况和肝脏功能，判断肝脏有没有损伤，如果有明显损伤，需要及时的给予保肝治疗和手术治疗改善。
多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
通常情况下，有多囊肝不一定就会有多囊肾。具体分析如下：
多囊肝是一种罕见的遗传性疾病，可以作为孤立性多囊肝病独立存在，也可以作为常染色体显性遗传性多囊肾病的伴随症状。多囊肾是一种先天性的发育畸形，表现为双侧的肾脏产生多发的肾脏囊肿，可有几十个或上百个呈葡萄串样结构。并不是所有的多囊肝患者都合并多囊肾，只是说多囊肝的患者同时合并有多囊肾，这种疾病的概率相对会比较高。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
对于多囊肾的患者如果肾功能，肝功能正常，一般不严重。不同的病人疾病发展的进展不一样，在出生后绝大多数患者双肾都会有多个囊肿，肝脏也会有囊肿，以后疾病进展正常，肾脏、肝脏就会布满大小不等的囊肿，它会压迫肾脏的实质，使正常的肾单位明显减少。
如果是多囊肾，主要是因为，阳气亏虚，气血运行障碍，体内有淤血导致的，治疗的时候可以服用一些温阳活血化瘀的药物。多囊肾是一种遗传性肾病，约占终末期肾功能不全总量的5％---10％，多囊肾随着年龄的增长，囊肿逐渐增大，最早的表现是，腰部疼痛，血压升高，肾脏B超结果异常。