无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
可以采用超声进行监测，如果是囊肿直径大于四个厘米，可以在超声引导下进行囊肿穿刺并引流囊液，同时可以使用95%的乙醇或者四环素作为硬化剂注入囊腔内。但是如果肾囊肿直径大于八个厘米，可能需要手术治疗，有条件者可以行腹腔镜下肾囊肿去顶术进行治疗，这种手术创伤小，疗效确实，术后患者恢复快，已经成为治疗有手术指针的单纯性肾囊肿的精标准方法。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。
病人现在检查发现肾囊肿了，但是需要先看看囊肿的大小情况，如果囊肿比较大，超过4厘米，可以带病人再进一步的治疗，比方说手术治疗等，假如病人的肾囊肿小于4厘米，且没有什么不适症状，那么定期的复查彩超随访就行了。
一般的肾囊肿是良性的，大约直径为2-5cm，没有表现症状，也不需要治疗，只要平时注意即可。而当肾囊肿的直径超过5cm时，就应及时进行治疗，治疗的方法主要采用囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。若肾囊肿的直径大于10cm时，则只能进行手术切除治疗。
