随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
肾囊肿一般发病比较缓慢，多见于中老年人，主要是年龄偏大以后出现身体机能的下降，而在肾脏的皮质或髓质形成了憩室，液体积聚在内行成了囊肿。对于它的最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。
肾囊肿穿刺硬化术，主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的患者，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的患者。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液，抽吸干净后注入无水乙醇5-20ml，对于酒精严重过敏者禁忌。还可以做腹腔镜肾囊肿去顶术，适合囊肿体积较大，外凸明显，无手术禁忌的患者。
最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。