抗乙肝病毒治疗主要是核甘类抗病毒药和聚乙二醇干扰素为主。聚乙二醇干扰素治疗乙型肝炎具有双向免疫调节作用的优势，既可以降低乙型肝炎病毒载量，又可以增加血清转换率。但是，聚乙二醇干扰素的副作用比较多，常见的副作用是，初期会有流感样症候群的表现，可以导致白细胞和血小板降低。另外，常见的副作用还有对于患者情绪的改变，以及有高血压，糖尿病等，应该慎用。
打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
干扰素2-7天副作用就会消失，打了干扰素后，免疫系统消除病毒机能被充分调动起来后，身体是会出现明显的机体免疫反应症状，打过干扰素后注意休息是减轻症状有效方法。
乙肝患者打干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。
丙型肝炎的治疗效果很好，但副作用更明显。它们的用法有所不同。可能会导致发烧，特别是使用第一针时。因此，有必要有退热药。当体温超过38度时，将使用一次。此外，可能会发生白细胞减少，有些可能会脱发，所以尽量防止它。
