腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
在临床上是非常常见的，如果没有什么不舒服的症状，是不需要特殊的治疗的，主要就是积极的注意休息，避免长时间的剧烈运动，如果有一些膝关节的滑膜炎骨性关节炎需要积极的进行治疗，否则关节积液增多容易导致囊肿的增大。如果局部囊肿增大明显，产生的局部明显肿胀的感觉，影响到关节活动受限，是需要积极进行手术治疗的，需要进行手术切除。
以用中药来治疗，促进卵巢囊肿的消散或者吸收，在中药治疗卵巢囊肿的过程中，采用攻补兼施的方法，运用平和的扶气之品、配合活血化瘀；要用峻猛的药品，达到攻补兼施，不能攻伐太过的作用。
肛周囊肿便前便后坐浴熏蒸，平时要注意局部的卫生，每天早上起来的时候喝一杯温盐水或凉白开水，这样可以使食物更快地消化掉。不要长时间坐着，多做一些运动。每天都要大便，但是时间要短。勤换内裤。
可以选择手术治疗，将病变切除，在局部麻醉下就可以进行。选择梭形的切口或者沿病变长轴的切口，仔细分离皮下组织和囊肿的周围，尽量避免碰破囊肿，因为有一部分病人可能合并有液化，会导致局部的污染，尽量将病变的完整切除。
通常情况下，腱鞘囊肿中医可以通过使用药物、针刺治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：腱鞘囊肿中医治疗时，可以安静消炎镇痛膏、麝香止痛贴膏、云南白药膏等把膏药敷到患处，可以起到消肿化脓、活血行气的作用。
针刺治疗：腱鞘囊肿中医治疗时，根据囊肿的部位及症状，选择合适的穴位，可以很好的治疗腱鞘囊肿。
