乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
小三阳自然转阴的可能性非常小。自然转阴，就是说不依靠药物治疗，单纯依靠自身的免疫机制来实现消除病毒的目的。一般的乙肝小三阳到后期都会发展成慢性乙肝病毒携带者。需要到医院定期复查自己的DNA以及肝功指标。以便了解自己的身体情况，做好对症治疗。
小三阳更容易，但是大三阳与小三阳，只是生化检测的区别，小三阳中的一种，病毒阳性小三阳，照样会引起肝脏慢性损伤，引起肝硬化，因此与大三阳没有区别，因此要进行DNA检测。
大三阳病人服药四年以上，大三阳转小三阳之后可以巩固治疗三年以上，才能考虑停药观察，延长巩固治疗时间可以减少复发，一旦服药三年以后，还会有百分之70的病人会发病，所以不可以停药。
服用恩替卡韦抗病毒治疗已经3年，需要进行检查，检查提示肝功能正常、一直保持阴性，按照慢性乙肝防治指南的标准，可以考虑停药，停药以后，仍需定期3到6个月复查肝功能及HBVDNA，期间有不适随时就诊。
小三阳抗病毒治疗的停药标准是要求肝功能正常，表面抗原转阴、DNA转阴，达到这两个转阴之后再继续服药一年半以上，可以考虑停药。对于HBeAg阳性患者，出HBeAg血清学转换通常为大三阳转为小三阳并且HBVDNA检测不出，持续12个月以上，可以考虑停药;对于HBeAg阴性患者，如果HBsAg仍为阳性，何时停药尚不确定，在治疗至少持续2年以上，并且间隔6个月以上3次以上检查HBVDNA均为阴性。
