慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。如果慢性结肠炎出现急性改变，这时还可以考虑短期应用糖皮质激素，如地塞米松、泼尼松等。此外还应对症治疗，腹痛明显时可以应用山莨菪碱；腹胀明显时可以应用莫沙比利；腹泻明显时可以应用盐酸洛哌丁胺；便秘症状明显时可以用果导片等。
一般情况下，慢性结肠炎的患者要在四诊合参的基础上，明确病因，对症治疗。具体分析如下：
通常来讲，对于脾肾阳虚型的慢性结肠炎，可以口服固本益肠丸；如果是脾胃虚弱的慢性结肠炎，可以口服补脾益肠丸；如果是肝脾不和引起的慢性结肠炎，可以口服固肠止泻丸；肠炎宁片是由大肠湿热引起的慢性结肠炎；如果是脾胃虚寒引起的慢性结肠炎，可以口服小建中颗粒等。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
慢性结肠炎的灌肠治疗有作用，而且其作用比较好。
灌肠治疗的具体方法是将治疗用药溶入到灌肠液中，将药液直接溶入病灶部位，可以起到局部治疗的作用。慢性结肠炎灌肠治疗的药液有多种，需要根据病人的具体症状辩证选用。
，治疗期间患者要清淡饮食，不要吃油腻、不易消化的食物，比如啤酒、咖啡等，养成良好的生活习惯，有利于病情的恢复。
如果是慢性结肠炎，可以通过艾灸进行治疗，如果是严重的结肠炎，则要吃药，或者做手术。艾叶是一种温经散寒、调经止痛的药物，其功效是温通经络，激发人体正气，促进气血运行，调节人体的失调，达到治病的目的。患有慢性结肠炎的人可以通过艾灸中脘穴、关元穴、三阴交、天枢穴、气海穴、足三里、合谷穴、上巨虚等穴位。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
一般情况下，柳氮磺胺嘧啶是治疗慢性结肠炎的常用药，具有抗炎症的功效，主要是针对慢性结肠炎，不过副作用也很大，很可能会引起肠胃不适，出现恶心、食欲不振等情况。
如果病情持续时间较长，并且不是很严重，可以口服一些中药制剂，比如补脾益肠丸。可以起到调理肠胃、涩肠止泻的功效，还可以使用肠炎宁、思密达等抗肠粘膜药物，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。建议患者平时还应做好个人的卫生护理，注意饮食卫生，可以改善病情。
临床用药还应当正规合理，以最大限度的控制症状发作。如果慢性结肠炎存在细菌感染，还应当根据病原菌选择敏感的抗菌药物进行治疗，常用的药物有喹诺酮类、氨基糖甙类等，比如左氧氟沙星。临床上缓解症状最常用的药物是柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等。
