进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
如果有宫颈糜烂要做宫颈检查，当然首先要去做宫颈排癌检查，做tcd检查和HPV检查。如果排除了宫颈病变，一般是宫颈炎症或者是宫颈糜烂，可以先用药治疗，药物治疗效果不好，还可以采取利普刀手术治疗或者激光手术治疗。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
ERCP是内镜逆行性胰胆管造影的英文缩写，手术是在纤维十二指肠镜直视下，通过十二指肠乳头，将导管插入胆管和胰管内进行造影，可直接观察十二指肠及乳头部的情况，病变取材活检。
