早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
肛瘘为肛门及直肠周围处瘘管的形成。典型的肛瘘有内口，外口及瘘道组成。对于肛瘘的检查，可以进行肛门指诊，肛门镜检等，也可以采取彩超，CT，核磁共振等检查，特别是对深部的肛瘘，当然还可以经过外口进行探针检查，寻找内口。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。