巧克力囊肿是由子宫内膜侵入卵巢引起的，卵巢充血，月经时卵巢出血会增多，可能导致破裂后肿大，巧克力囊肿比较大，保守治疗效果较差，可尝试中药脉调理，可能有效。调节心情。注意休息，饮食，少吃辛辣刺激，少喝碳酸饮料。多喝温蔬菜汤。热敷治疗。
巧克力囊肿的病人可以吃肉。病人在饮食上没有明确的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶等均可以服用。但是对于特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂蜜、蜂王浆或者花粉类的食物，尽量减少食用或者不食用。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
