非常客观地说，结肠镜检查没有痛苦。只有看到结肠镜这么长，以至于它从肛门插入肠道。首先，有一种恐惧感。如果受到刺激，会感到过敏。只有在检查过程中，才会将二氧化碳气体注入肠腔，使肠道扩张，以便更好地观察。有时感觉有点腹胀，医生会在检查前尽可能释放气体。
灰指甲一般在发病早期并不会出现疼痛，但如果疾病持续加重，出现了指（趾）甲脱落、变形、破碎，或引起甲沟炎、甲床炎、嵌甲等并发症时，则可能会因炎症问题出现疼痛。
灰指甲是由于指（趾）甲受到真菌感染后引起的甲部病变，一般表现为指（趾）甲甲板变色、变形、增厚、糟碎、翘起等，通常这个阶段的灰指甲不会出现疼痛的现象。如果没有及时治疗，真菌在甲下大量繁殖后，会引起甲沟、甲床炎性反应，此时患者会出现不同程度的疼痛，影响正常生活和工作。为避免病情恶化，患者需用药来避免疼痛出现，例如亮甲复方聚维酮碘搽剂这类外用抗真菌药物，其所含成分能够杀灭真菌、抑制甲下真菌的繁殖、消炎止痒，减轻甲部病变症状。
肠镜分有痛性的和无痛性的。有痛性就是普遍的肠镜检查。无痛性的检查项目相对来说费用比较高、而且需要打麻醉，这种肠镜只有轻微的不适感，没有任何疼痛。肠镜的检查时间需要根据熟练程度、病变的程度有无等因素密切相关，如果没有特殊情况都很快的。
尿痛是尿道口会有所疼痛的，尿路感染是可能会导致尿痛的，而且尿道炎、前列腺炎、尿路结石、膀胱炎等都会导致尿痛的，而且尿痛的程度都是根据不同的病情而影响着的，有些人疼痛感比较轻，有些人疼痛感在比较重，而最常见的症状是为烧灼感的。
肛肠镜检一般不会引起疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类不予肛门镜检。
