巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。多由炎症刺激引起。如果囊肿比较小，不需要手术治疗，可以密切观察，如果生长速度比较快，就要考虑手术治疗。可以选择去正规专业的医院进行检查和治疗。
巧克力囊肿穿刺后是要做手术标本检查的，在术后要避免着凉感冒，要注意自身的保暖，调整自己的情绪，保持一个乐观开朗的心态，可以使生体的免疫力也正常，要禁止所有的剧烈运动以及重体力的工作，饮食吃些容易消化和吸收的食物，食用适量的水果和蔬菜以提高自身的抵抗力，不要食用容易胀气的食物。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
妇科检查：妇科常规检查，若发现一例或双侧囊性或实质性球形肿块及其他盆腔异常情况。超声检查：可协助肿瘤的定位，其准确率高达90%以上。腹腔镜检查：在内窥镜直视下能早期明确诊断，做活检，判断肿瘤性质、浸润范围，协助分期及观察化疗效果等，对判断预后及指导治疗方法均有一定价值。做手术前，要做非常详细的全身检查，比如照X光，验大小便，验血，皮试等，并在手术前需要先灌肠，手术时要全身麻醉。
巧克力囊肿平时应注意不抽烟喝酒，不要食过咸过热和辛辣过冷刺激性食物，要注意劳逸结合，不要过的劳累，不要长时间熬夜，保持良好充足的睡眠，应多吃些营养丰富的食物，多吃些绿色蔬菜和水果。
做，巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。要结合临床病史综合性的分析，这种病人常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的病人，在临床上会有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。
