许多具有致病力的真菌会侵犯皮肤、在毛发、指（趾）甲等浅层组织，造成浅层的真菌感染，还会侵犯到人体的组织、器官，造成深层的真菌感染。首先，要对感染的真菌进行初步的诊断，并结合病灶和医疗检查，应用真对性的抗菌药物。浅部真菌感染可以使用药膏或霜剂来治疗，效果好，副作用少，可以使用两性霉素b、制霉菌素、酮康唑、克霉唑等。深部真菌感染主要是全身用药，可以口服三唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、棘白菌素等。
颅内真菌感染是一种脑部损伤的症状。甚至会对身体造成威胁。
颅内真菌感染是一种非常复杂的疾病，它是发生在身体最关键的部位，对身体的威胁很大，是颅内感染的一种常见的并发症。颅内有毛发、皮肤、碎骨、碎屑等异物存在，这些都会引起颅内感染、急性脑膨出、颅内压力升高，从而造成患者的死亡。所以，应尽早进行急诊清创，封闭颅腔，将开放性损伤转化为闭合性损伤。治疗颅内感染时，应先控制全身症状，再进行病原学检查，选用对病原体最有效的药物。
真菌一般是指霉菌。霉菌性阴道炎的治疗要从根本上解决。糖尿病、长期服用雌激素、长期使用抗生素等都会导致。可以用抗菌药物、外用抗霉菌药物治疗。不能忍受局部疗法的未婚女性、无性生活，需要服用一些具有抗霉菌作用的药物。常用的药物有达克宁栓、制霉菌栓、克霉唑栓剂，治疗周期为7-10天。外阴阴道可以用2%-4%的碱性冲洗液来清洗。在治疗性伙伴的时候，可以降低复发。内裤，用过的盆子和浴巾，都要清洗干净。治疗的标准是三次月经都是阴性。
注意头部卫生，适当把头发剪短，必要的话，可以考虑剃光头不过作为女性一般剪短就行了，否则影响美观，这样更方便外用药吸收。在指导下外用一些抗真菌的制剂，还有就是短期内服用抗真菌药物。
消除易感因素疗法，如避免长期使用抗生素、免疫抑制药、解除尿路梗阻，控制糖尿病等使机体抵抗力下降的疾病，尽量减少导尿及长期保留尿管等。GPH基因递进增强疗法，该方法针对病毒有极强极复杂生物基因链因此生殖感染易反复发作不容易痊愈的特点从基因分子生物学角度破坏病毒的基因生物链达到治疗的目的。
辅助治疗，急性期应多饮水，以增加尿量，对尿道有冲洗作用。有尿频、尿急及尿痛时，可服用解痉药物，并除去引起尿道炎的各种诱因；中医治疗，中医常采用益气、补肾、清热利湿并重的原则，邪正兼顾，特别是对于湿热下注型患者疗效更为明显。
