患有沙眼衣原体的病人，病情尚无严重并发症时，服用普通的抗生素即可治疗，不过药物的使用要求规范，且坚持长期服用（1~2个月）。另外，由于沙眼衣原体广泛存在，因此需要注意卫生，以防止眼部再次感染。对于严重并发症的病人则需要手术治疗。
支原体和衣原体的感染，可以选择大环内酯类药物来进行抗感染治疗，规范的治疗，合适的疗程，大部分都可以将支原体或者是衣原体根除的，具体的治疗要结合实际情况来进行分析。支原体的感染容易导致肺部出现症状，容易出现咳嗽咳痰等。通过规范的治疗，这些症状也能够缓解。如果有咳嗽的，还可以选择止咳化痰的药物来进行综合处理。
阴道炎支原体衣原体感染，平常一定要注意个人卫生，私处要天天清洗，要注意多休息，注意良好饮食习惯，也可以去医院确诊原因后对症治疗，治疗期间不要同房，不要做剧烈的运动。
衣原体感染引起咳嗽可以通过静脉注射和口服药物进行治疗。肺炎支原体和肺炎衣原体感染后起病缓慢，可引起阵发性刺激性咳嗽并伴有粘稠痰液，可转为顽固性剧烈咳嗽并伴有胸口疼痛。
支原体在女性生殖道最常见的侵犯部位是子宫颈，由此而上蔓延可引起子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎。可以使用物理疗法治疗。平时禁忌辛辣和刺激性食物，戒烟酒，注意个人卫生，治疗期间暂时不要有性生活。
支原体是一种比较顽固的病原体，主要是通过性行为感染，容易产生耐药，如果不及时治疗或治疗不规范，会引起阴道炎、宫颈炎、盆腔炎、尿道炎等妇科炎症，建议多喝水，并在医生的指导下使用药敏试验中敏感的抗生素进行治疗。
