房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
脑血栓引起的偏瘫经过合理的药物治疗和康复训练，多数是可以恢复的，临床上可以治疗偏瘫的药物也很多，像依达拉奉、同仁堂再造丸等西药、中成药都是可以的，特别是再造丸，有恢复肢体功能的功效，在脑血栓恢复期发挥着重要的临床作用。此外，还应针对偏瘫肢体功能障碍进行康复训练，建议到专业康复机构进行。
急性脑梗死是临床常见的脑血管系统疾病，主要是因为血液黏稠度增高、脑动脉粥样硬化等多种原因引起的脑组织供血不足，导致严重的神经功能受损，造成对侧肢体运动和感觉功能障碍的问题，出现偏瘫的表现。患者可通过药物以及康复训练来共同改善预后。
药物方面，对于缺血性的中风，临床常应用具有活血化瘀功效的药物，例如同仁堂化瘀丸，该药可有效抑制血小板凝聚，防止血栓形成，增加各组织的血液灌注，有效地降低血清炎性因子水平，使患者脑血管通畅、脑细胞功能恢复，从而起到益气活血、化瘀通络的功效，帮助患者改善偏瘫的问题。
此外，应尽早开始康复治疗，可防止肢体关节、肌肉挛缩；而且还有助于促进相应局部脑血流增加，促使尚存在的细胞恢复功能，对患者预后极有好处。
治疗分两方面：一是本次的中风恢复情况，现在时间仅3周，因此恢复的机会很大的，改善脑循环，营养脑神经的治疗，还要康复锻炼；二是预防随时可能出现的再中风，甚至包括各个部位的梗死（如心肌梗死，肾脏梗死，脑其它部位梗死等）。两方面均需重视，同时进行。
在临床上，脑血栓属于比较多发和容易发生的类型之一，而且其发病概率随着年龄增加而升高。患脑血栓者，很可能留下偏瘫后遗症，此种情况多由脑血栓导致脑梗死所致，运动中枢因脑细胞坏死而受损，从而产生肢体运动障碍的可能性，因而发生偏瘫。
在日常生活中如果没有及时有效地控制好病情或者不注意饮食的话，很容易造成脑部血管栓塞甚至颅内血肿而引发脑出血或中风，进而威胁到患者的生命安全和身体健康。
一般建议在中风后瘫痪和偏瘫后者，及时遵医嘱使用药物及护理措施，包括抗凝治疗、溶栓疗法、营养支持治疗以及神经保护药等进行治疗。
脑血栓术后，一侧的身体出现了运动问题，需要做相应的运动，可以刺激患侧的身体的细微动作和大的运动。
这样可以让患一侧的身体更好的活动，这样的话，可以在康复师的帮助下进行训练，这样可以帮助病人的身体更好的恢复，同时配合针灸、按摩、理疗，让病人的身体更加的协调，从而降低了术后的副作用。
所以，做完手术之后，可以先找个专业的复健医生进行训练，然后再做简单的运动。