打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
一些病毒感染性疾病需要应用干扰素进行治疗的，像尖锐湿疣的一些感染。疱疹病毒感染。带状疱疹等都可以应用药物进行治疗。同时还伴有病毒复制比较高的丙肝患者可以给与干扰素注射的。
乙肝干扰素通常需要打一年左右，但具体注射时间需要根据具体病情来判断。
乙肝打干扰素的疗程通常要看具体的情况。在注射干扰素的过程中，如果病毒的浓度降低的比较好，表面抗原的含量降低的比较好，一般打一年左右即可。如果一年之后，表面抗原的含量还在不断的降低，那么可以通过延长疗程来促使乙肝表面抗原的转阴，可以延长至72周-96周。但如果使用干扰素不起作用，可以在3个月后停止使用，可以服用核苷类的药物。
单纯的干扰素是治不好乙肝大三阳的，药物只能一时控制体内的病毒，并不能很好的清除体内的病毒。因为病毒的复制模板存在于肝脏细胞里，一般的药物分子过大，无法进入肝脏里去发挥作用。
乙肝病人有干扰素的适应症，可以用干扰素进行抗病毒治疗。
如果治疗的好，那么乙肝表面抗原的含量会快速降低，也有少数人可以达到乙肝表面抗原的转阴，也就是说，临床上可以治愈。干扰素是乙肝表面抗原值偏低，肝功能出现轻微、中度的异常，肝脏的形态结构也是正常的。这一类患者可以通过注射干扰素来达到表面抗原的转阴。因此，对于乙肝患者，在有干扰素的情况下，可以进行积极的干扰素治疗。
乙肝干扰素需要打一年左右，乙肝干扰素的治疗疗程，需要结合实际情况来进行分析。如果打到一年的时候，表面抗原的水平依然在持续下降，这个时候可以适当的延长疗程，来追求乙肝表面抗原的转阴，可以延长到96周，或者是72周。
