巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让病者出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说病者出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显。也就来月经和性交的时候会疼痛，不会忽然疼痛。
子宫内膜异位症的一种病变，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂。治疗方面，还未生育的年轻女性一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
囊肿是由于体内激素分泌旺盛造成的，如果怀孕后，激素分泌会更旺盛，囊肿长得会更快，这样会影响胎儿的发育。囊肿是长在卵巢上的，卵巢功能受影响，也不容易怀上，应采取手术治疗。
