对于子宫内膜不典型增生的治疗，首先要明确诊断，查清原因，若伴有多囊卵巢、卵巢功能性肿瘤、其他内分泌功能紊乱，应行针对性治疗。同时对诊断为子宫内膜不典型增生者即刻开始对症治疗，采用药物治疗或手术治疗。方案的选择对生育的要求，年龄小于40岁者，其癌变倾向低，可首先考虑药物治疗。
果患者有生育要求，年纪比较轻，这类患者应药物保守治疗。一使用大剂量高效的合成孕激素治疗。患者没有生育要求，且年纪比较大，可以考虑手术治疗。手术治疗一般选择子宫切除术，术后需禁止性生活及盆浴，且注意休息。
子宫内膜复杂性非典型性增生，就是疾病的一种交界性病变，对于复杂性非典型性增生的，有可能是多囊卵巢或者是卵巢肿瘤而造成的，卵巢肿瘤也分为良性的或者恶性的还有交界性的疾病而造成的。子宫内膜复杂性非典型性增生，也可见于交界性肿瘤，还可见子宫内膜癌早期的病变。所以，子宫内膜复杂性非典型性增生，包括好几种意思，可能是交界性的肿瘤性病变，也可能是子宫内膜癌的早期病变开始。
一般不会自愈，子宫内膜增生，其实就是内分泌失调或癌症的表现，应该先诊刮送病理定性，如果不是癌症，就用宫腔镜电切增生或息肉，然后调节内分泌，需要配合放疗治疗，定期复查。尽量不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，精神放松，保持心情舒畅。防止加重。先保守治疗，了解情况后有必要时做手术。平时注意个人卫生。
子宫内膜增生也称为癌前病变，它具有一定的癌变倾向。子宫内膜增生有可逆性病变，可能发展为癌。要在医师的指导下服用药物，三个月诊刮一次，尽快到医院进行治疗，只要及时进行有效的治疗就不怕。
药物治疗是子宫内膜非典型增生最基本的治疗方法，手术治疗通常适用于非典型增生面积大于1cm的非典型增生患者，中药也有治疗子宫内膜非典型增生的作用，跟药物治疗一样，也只适用于轻度患者，对于中度和重度患者，治疗效果不是很好。
