肾积水主要的治疗是解除肾积水，不然长期积水容易引起肾实质受压，而导致肾功能减退，甚至肾衰竭而进入尿毒症期。要明确病因，常见的泌尿系结石或肿瘤引起的梗阻，还有前列腺增生引起的梗阻。治疗上要祛除病因，结石引起的通过排石，手术等治疗，肿瘤引起需要手术切除。
双肾积水严重不严重，取决于积水的时间长短和积水的程度。双肾积水对于肾脏的损伤，主要是它能够压迫肾脏，导致肾实质变薄，肾功能逐渐减退，最后发展成为慢性肾衰直至尿毒症。
肾积水很多疾病都会引起，如肾盂输尿管连接部狭窄、肾结石、输尿管结石、输尿管肿瘤、输尿管狭窄以及下尿路梗阻。最常见的就是前列腺增生、膀胱结石、膀胱颈挛缩，输尿管外受压，输尿管外的异位血管或者神经纤维束压迫，也会导致肾积水。
肾积水绝大多数都可以治疗好，特别是积水程度不重。如果积水程度很重，即使手术后肾脏积水只会部分缓解，不可能彻底恢复到与生病前一样的状况。肾积水治疗的主要目的避免肾功能损害，找到引起积水的原因，将引起积水的原因去掉，肾积水就会自然而然的缓解。
肾积水造瘘术是一种比较常见的手术，风险小，是通过手术的方式来使肾脏部位的碎石以及排泄物排出，同时也对输尿管有很大好处，适用于肾积水患者或者是肾炎病人。
小儿左肾积水伴左侧输尿管上段扩张可能是有结石或肾盂输尿管连接处狭窄，要进行辅助检查，建议做造影。结石可以进行碎石治疗。肾盂输尿管连接处狭窄要进行手术。
尿路不畅是肾结石导致肾积水，严重的会导致集合系统分离、脓肿、急性肾功能衰竭，建议进行抗感染治疗，若无法改善要手术取石。肾积水可口服药物调理，去除肾积水最好是针对病因治疗。根据病因性质选择手术方法，先天性肾盂输尿管连接部狭窄可以进行肾盂成形术，肾输尿管结石可以通过取石或碎石术。
