支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体、衣原体可能会引起咳嗽。
支原体、衣原体很可能会进入气道，引起咽炎、肺炎等疾病，引起顽固性、严重的咳嗽、伴有少许粘液、乏力等症状。如果出现支原体、衣原体感染，一定要到正规的医疗机构进行治疗。
另外，生活中要注意保持房间里的环境干净，多吃一些容易消化的食物，多饮用一些白开水。
检查支原体衣原体就是查有没有这两类病原体的感染，因为支原体衣原体感染是属于性传播疾病。而且在女性怀孕以后，可能会引起出现自然流产，甚至是胎儿畸形的风险。所以可以作为常规的孕前检查。在检查出现支原体衣原体阳性的情况下，都需要做药敏实验来选用具体的药物治疗，治疗时需要夫妻同治，以免导致出现再次交叉感染。
衣原体肺炎一般指肺炎衣原体肺炎，可以使用阿奇霉素、罗红霉素等药物治疗。
肺炎衣原体肺炎是肺炎衣原体感染导致的肺部急性炎症，主要通过飞沫传播，常表现为发热、咽痛、头痛，症状通常较轻，患者可以在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物治疗。
如果是咳嗽、咳痰比较严重，可以服用氨溴索、右美沙芬等，如果体温高于38.5℃可以服用退烧药，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
支原体感染和衣原体感染是可以治愈的。
目前支原体感染和衣原体感染对许多抗菌素敏感，采用针对性的抗菌素治疗一般都能治好。由于支原体没有细胞壁，因此对青霉素、头孢素、磺胺类等会产生一定的抗药性，对四环素、红霉素、阿奇霉素等药物比较敏感。阿奇霉素对衣原体和支原体均有良好的疗效，可以成为临床上的首选药物。
