输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。要根据输尿管的具体位置来制定，一个是从腰部做切口，另一个是直接从尿道植入输尿管镜。也可以采用经皮肾镜碎石取石，这其中也包括气压弹道、超声碎石、钬激光这些媒介方式，输尿管下段的结石可以采用经尿道输尿管镜下碎石取石。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
输尿管结石，做输尿管镜钬激光碎石后，体内会留置支架管，一般留置支架管两到四周后可以取出，取支架管，首先应该在打麻醉下进行，可以采用局部麻醉，也可以采用静脉复合麻醉，如果疼痛耐受性低，建议做静脉复合麻醉，首先麻醉满意后进行消毒，然后通过尿道放入膀胱镜，膀胱镜下找到输尿管支架，然后用异物钳将输尿管支架通过膀胱夹出体外。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
