输尿管镜取石术发生并发症，穿破输尿管或者造成狭窄。结石直径超过1厘米或者是表面粗糙呈多角形正。结石嵌顿过久输尿管发生严重的梗阻及上尿路感染。需要开放手术取石。
输尿管结石治疗方法要据病人的具体情况而决定。若结石体积较小、存在时间的短，输尿管及膀胱无梗阻、采取保守治疗便可将结石排出，如药物治疗、多饮水及适当运动等。而需手术治疗输尿管结石的适应症如下：输尿管、尿道或膀胱存在畸形或狭窄，即便结石体积小也需要手术治疗。
输尿管结石手术后可以上班，对体力劳动比较轻的活动或者体育劳动比较轻的上班，以及脑力劳动的上班一般是不影响。而对重体力劳动，比如像搬运工作的人一般是不能上班，针对这些病人往往需要取出输尿管支架管之后才可以上班。进行重体力劳动时候可能会导致病人尿路刺激比较明显，从而导致病人出现血尿的症状。
输尿管结石碎石分为体外碎石和输尿管镜碎石。体外碎石是利用超声波在体外将结石震碎，适合两厘米以下的结石，因碎石设备不同，价格一般在数百元到一千多。输尿管镜碎石是一种微创手术，碎石效果确切，需要住院和麻醉，费用相对较高，费用一般在1-2万元左右。
输尿管结石的手术方式包括体外震波碎石、输尿管镜弹道碎石等，常见的手术后遗症有输尿管狭窄，手术操作过程中或碎石过程中，对黏膜会产生一定损伤，甚至导致疤痕形成，引起输尿管狭窄，血尿，术中操作损伤可引起出血，导致血尿的发生，残留结石，术中需用水保持视野清楚，在外力作用下易将结石冲到肾盂和集合系统内。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
